在線調查是一種便利而且費用低廉的調查研究形式，已經為企業市場調研及其它調查統計機構所普遍採用，但是，由於在線問卷調查存在一定的局限性，需要在實際應用中盡量避免由此造成的不利影響。
先看一個現實的例子： CNNIC每年進行兩次網上問卷調查，其主要目的是為了發佈具有權威性的的《中國互聯網路發展狀況統計報告》，但是由於CNNIC的調查包含信息調查與網站排名的商業行為與一體，十佳網站評選活動引發了許多網站一系列的作弊行為，由於極其明顯的利益驅動，投票者的目的在於獲得選票資格，因此，調查問卷的反饋內容是否能真實地反映出中國互聯網發展狀況的水平也成為極大的疑問，同時中國互聯網路信息中心第六次網上問卷調查本身也受到了質疑。
雖然CNNIC的問卷調查屬於非常特殊的情形，但是其中同樣也暴露出在線調查所存在的特殊局限。不過，我們在此並非針對CNNIC的問卷調查進行評論，而是討論網上調查所普遍存在的局限。
局限之一：問卷設計的限制
由於在線調查需要訪問者填寫在線表單，因此，相對於一般問卷調查來說，更應該具備簡潔明瞭的特點，盡可能少佔用填寫表單的時間和上網費用（如果一份問卷需要10分鐘以上的時間，相信多數人沒有這種耐心），對問卷的設計有更高的要求，例如：調查目的明確、問題容易回答、盡量採用選擇性的問題、與調查目的關係不大的問題沒有必要出現在問卷中。
例如，CNNIC第六次網上問卷調查中的一個問題是：
·如果您是專線上網用戶，平均有幾人共同使用該上網計算機？ 您擁有幾台專線上網計算機？
這樣的問題就讓人難以回答，對於許多公司尤其是IT及互聯網行業的公司來說，由於公司發展較快，無論是員工人數還是連網計算機數都在不斷發生變化，除了網路管理員及相關負責人之外，恐怕很難有人知道公司擁有幾台專線上網計算機，那麼這樣的問題就難以得到準確的反饋信息，因此，據此調查信息得出的統計結果也很難有什麼實際價值。
對於這些問題，如果一定要出現在問卷中，應該給人以其它選擇的方式，如增加一項可選內容：「不知道」。
局限之二：樣本數量難以保證
樣本數量難以保證也許是在線調查最大的局限之一，目前還沒有權威的統計資料說明有多大比例的訪問者願意參與在線調查。美國主要的比較購物網站之一bizrate.com有一項統計資料，為了對購物網站進行顧客滿意度的調查，bizrate.com在所有的會員網站設置了一個自動彈出窗口調查表，剛剛完成網上購物的人會立即看到這個調查表，據該站公佈，有大約25%的網上購物者參與了調查，當然不能否認其中一些人參與調查是為了5000美圓的獎金。根據CNNIC於2000年1月發佈的《中國互聯網路發展狀況統計報告》，當時的全國的上網人數為890萬人，回收到的問卷是36萬份，其中有16萬份是無效的或作弊的，也就是說，參與調查的有效人數占全部網民的比例只有2.25%。
如果一個網站有25%的訪問者願意參與在線調查，當然是比較理想的狀況了，實際情形也許要更低一些。這樣，對於一些訪問量較低的網站來說，如何吸引人參與調查是一種挑戰，因為如果沒有足夠數量的樣本數量，調查結果就不能反映總體的實際狀況，也就沒有實際價值。所以，足夠的訪問量是一個網站進行在線調查的必要條件之一。
局限之三：人口統計信息的準確性
由於人們擔心個人信息被濫用，通常不願在問卷調查中暴露準確的個人信息，有時甚至因為涉及到過多的個人信息而退出調查。而對於許多調查者來說，人口統計信息是必要的內容，為了盡量在人們不反感的情況下獲取足夠的信息，在線調查應盡可能避免調查最敏感的資料，如住址、家庭電話、身份證號碼等。如果十分必要，也應該在個人信息保護聲明中明確告訴被調查者個人信息的應用範圍和方式，以免造成不必要的誤會。
在線調查是為了獲取一定的統計信息，而不是為了收集參與調查者的個人資料，這種關係應該非常明確，不應捨本求末，為了一些不必要的信息而影響整體統計信息的準確性。
局限之四：被調查者的作弊行為
由於網上調查需要佔用用戶的時間和上網費用，因此，作為補償或者刺激參與者的積極性，問卷調查者一般都會提供一定的獎勵措施，有些用戶參與調查的目的可能只是為了獲取獎品，甚至可能用作弊的手段來增加中獎的機會。相對而言，網下的問卷調查作弊行為要少得多。因此，獎項的設置對問卷的有效比例具有重要影響，同時，篩選無效問卷是在線調查的必要環節之一。
一個特別典型的例子：2000年1月份，CNNIC將中國互聯網發展狀況統計於十佳中文網站評選一併進行，使得無效問卷的比例達到令人吃驚的地步：36萬份問卷中有16萬份是無效和作弊的！
可見，在線調查並非僅僅在網站放置一份調查表那樣簡單，要獲得有價值的調查結果，需要從優化問卷設計、吸引盡可能多的參與者、反饋結果的複查等多方努力。